ปรางค์ประธานองค์กลางประดิษฐานพระพุทธรูปปางสมาธิ 4 พระองค์ หันหลังชนกันประกอบด้วยพระพุทธกกุสันโธหันพระพักตร์ไปทางทิศเหนือ พระโกนาคมหันพระพักตร์ไปทางทิศตะวันตก พระกัสสปะหันพระพักตร์ไปทางทิศใต้ พระสมณโคดมหันพระพักตร์ไปทางทิศตะวันออกรับกับปรางค์ทิศตะวันออก ซึ่งประดิษฐานพระศรีอาริยเมตไตรยหันหน้ามายังพระพุทธเจ้าทั้ง 4 พระองค์ ส่วนปรางค์ทิศตะวันตกประดิษฐานพระพุทธบาทสี่รอยวางในตำแหน่งเดียวกันซึ่งหมายถึงรอยพระพุทธบาทพระพุทธเจ้าทั้ง 4 พระองค์ที่ตรัสรู้แล้วโดยเรียงตามลำดับขนาด

​

พระปรางค์ประธาน 

        ลักษณะของปรางค์ประธานพิจารณาจากรูปแบบอาจเรียกได้ว่าเป็นเจดีย์ทรงปรางค์หรือเป็นมณฑปจัตุรมุขยอดปรางค์ กล่าวคือ ตัวอาคารเป็นห้องสี่เหลี่ยมและมีมุขยื่นออกมาทั้ง 4 ด้าน ที่มุขมีหลังคามุงกระเบื้องซ้อนกัน 3 ชั้น ส่วนยอดเหนือหลังคาจึงเป็นส่วนของพระปรางค์ ลักษณะของอาคารจัตุรมุขยอดปรางค์นี้ปรากฏอีกแห่งหนึ่งคือ ปราสาทเทพบิดรในบริเวณวัดพระศรีรัตนศาสดาราม

องค์ประกอบพระปรางค์ประธาน

ส่วนล่าง ปรางค์ทั้ง 3 หลังตั้งอยู่บนฐานเดียวกัน ประกอบด้วยชุดฐานบัวลูกแก้วอกไก่ 1 ชุด รองรับลานประทักษิณซึ่งสามารถเดินได้รอบปรางค์ทั้ง 3 องค์

ส่วนกลาง เหนือลานประทักษิณเป็นส่วนของเรือนธาตุ ซึ่งในที่นี้ทำเป็นอาคารแบบมณฑปจัตุรมุข ประกอบด้วยฐานบัวลูกแก้วอกไก่รองรับตัวอาคารจัตุรมุข เหนือฐานบัว ประกอบด้วยชั้นยักษ์แบก ส่วนล่างประดับด้วยลายกาบพรหมศร ซึ่งเป็นลักษณะเฉพาะของศิลปะสมัยรัตนโกสินทร์ หลังคาจัตุรมุขทำซ้อนกัน 3 ชั้นลดหลั่นกันขึ้นไปเป็นหลังคาหน้าจั่วมุงกระเบื้อง ประดับด้วยช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์ (ลักษณะผสมระหว่างปากเป็นนกและหงอนเป็นนาค บางครั้งเรียกว่า “นกเจ่า”) ภายในกรอบหน้าบันประดับลวดลายพันธุ์พฤกษามีชั้นเทพนมรองรับส่วนหน้าบัน

ส่วนยอด ส่วนนี้คือส่วนปรางค์หรือปราสาทเหนือหลังคาจัตุรมุขประกอบด้วย ชั้นฐานยักษ์แบกสลับกับชั้นเทพนมรองรับชั้นปราสาทที่ทำซ้อนกันเป็นชั้น ๆ 6 ชั้น แต่ละชั้นประดับบันแถลงหรือกลีบขนุนปรางค์ ลักษณะทรงกลีบขนุนปรางค์ทำแนบชิดกับองค์ปรางค์แล้ว ซึ่งเป็นวิวัฒนาการสืบทอดต่อมาจากอยุธยาและมีลวดลายประดับ ส่วนเรื่องของยักษ์แบกเทพนม คงเปรียบเทียบได้กับพระปรางค์วัดระฆังและวัดอรุณราชวราราม อันมีคติเรื่องของพระปรางค์จำลองมาจากเชาพระสุเมรุในคติของพุทธศาสนา จะพบว่าปรางค์ที่สร้างในรัตนโกสินทร์ตอนต้น จะมีชั้นซ้อนของปราสาท 6 ชั้นเสมอ อาจหมายถึงสวรรค์ชั้นต่าง ๆ นั่นเอง ส่วนยอดของปรางค์ประดับด้วยนพศูลซึ่งพบอยู่ทั่วไปของพระปรางค์ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น

           ความสำคัญของปรางค์ประธาน คือ ภายในประดิษฐานพระพุทธเจ้าปางสมาธิ 4 พระองค์ ซึ่งหมายถึงอดีตพุทธเจ้าและพระพุทธเจ้าองค์ปัจจุบัน นอกจากนี้บริเวณภายในอาคารเป็นที่บรรจุอัฐิของตระกูลบุนนาค ที่สำคัญคือ อัฐิสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (สมเด็จองค์ใหญ่) และสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาพิชัยญาติ (สมเด็จองค์น้อย ผู้สร้างวัดพิชัยญาติ)