เดิมเป็นวัดโบราณที่อาจสร้างมาตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนปลาย ชื่อว่า วัดดอกไม้ ในสมัยรัชกาลที่ 3 ท่านผู้หญิงจันทร์ ภรรยาเอกสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) และบุตรของท่าน คือ สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ขณะที่ยังดำรงตำแหน่งจมื่นไวยวรนาถ กับเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ (ขำ บุนนาค)  ขณะยังดำรงตำแหน่งจมื่นราชามาตย์

ได้ทำการบูรณปฏิสังขรณ์ และเมื่อได้ทำการปฎิสังขรณ์เรียบร้อยแล้ว รัชกาลที่ 4 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงได้พระราชทานนามว่า "วัดบุปผาราม" การบูรณะวัดครั้งนี้ อาจเป็นเพราะเป็นวัดที่ตั้งอยู่ใกล้บ้านของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ ซึ่งเป็นประเพณีนิยมของขุนนางในตระกูลบุนนาคที่นิยมการสร้างวัดประจำตระกูลในที่ดินของตนเอง