ประวัติการบูรณปฏิสังขรณ์โดยสังเขป
2371  สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) อุทิศสวนกาแฟบริเวณนิวาสสถานเดิมเพื่อสร้างวัด จากนั้นได้รับการสถาปนาเป็นพระอารามหลวง โดยได้รับพระราชทานนามจากพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวนามว่า "วัดประยุรวงศาวาส"
2391   พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) เป็นแม่กอง ก่อเสารายภายในพระอุโบสถ
2398   สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) ถึงแก่พิราลัย สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ บุตรชายคนโต ได้สร้างเจดีย์ใหญ่ที่บิดาสร้างค้างไว้ให้แล้วเสร็จ  และได้บูรณะหลังคาและพาไลพระอุโบสถ ด้านทิศตะวันตกซึ่งต้องอสุนีบาต 
2414  พระเจดีย์องค์ใหญ่ต้องอสุนีบาต ยอดหักลงมาแต่ยังไม่ได้รีบการซ่อมแซม 
2426   พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินถวายผ้าพระกฐิน และทอดพระเนตรเห็นว่าพระประธานเอียงไปทางทิศตะวันตก จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้บูรณปฏิสังขรณ์ฐานพระประธานที่ทรุดให้ตรง
2428   เจ้าพระยาภาสกรวงศ์ (พร บุนนาค) สร้างโรงเรียนบริเวณข้างพระเจดีย์ใหญ่และสร้างศาลาต่อมุขพระเจดีย์ใหญ่ ให้เป็นโรงเรียนปริยัติธรรมอุทิศให้แด่สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ ผู้เป็นบิดาและท่านลูกอิน ผู้เป็นมารดา นามว่า "พรินทรปริยัติธรรมศาลา" 
2450  พระปรากรมมุนี (เปลี่ยน) พร้อมด้วยคณะสงฆ์ ทายกทายิกา ได้บูรณปฏิสังขรณ์พระเจดีย์องค์เล็กรอบพระเจดีย์องค์ใหญ่ และได้อัญเชิญพระบรมสารีริธาตุขึ้นประดิษฐานภายในพระเจดีย์ ต่อมาจึงเรียกพระเจดีย์องค์นี้ว่า "พระบวรธาตุเจดีย์องค์ใหญ่" "พระบรมธาตุเจดีย์องค์ใหญ่" และ "พระบรมธาตุมหาเจดีย์" ตามลำดับ 
2454   เจ้าพระยาภาสกรวงศ์ ได้ปิดทองและประดับอุณาโลมพระพุทธนาค 
2461 พระธรรมไตรโลกาจารย์ เจ้าอาวาสในขณะนั้นได้ดำเนินการบูรณะปฏิสังขรณ์พระบรมธาตมหาเจดีย์ที่ต้องอสุนีบาต 
2487 หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 วัดประยุรวงศาวาสได้รับความเสียหายอย่างมาก พระธรรมปหังษนาจารย์ เจ้าอาวาสขณะนั้น จึงได้ดำเนินการบูรณปฏิสังขรณ์พระอารามทั้งหมด 
2549  พระพรหมบัณฑิต เจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน ได้ดำเนินการบูรณปฏิสังขรณ์พระบรมธาตุมหาเจดีย์ครั้งใหญ๋ได้ค้นพบพระบรมสารีริกธาตุ  พระพุทธรูป และพระพิมพ์จำนวนมาก
2550 พระพรหมบัณฑิตได้ทำการบูรณปฏิสังขรณ์พรินทรปริยัติธรรมศาลา
2551 พรินทรปริยัติธรรมศาลาบูรณะแล้วเสร็จ พัฒนาเป็นพิพิธภัณฑ์พระ"ประยูรภัณฑาคาร" จัดแสดงพระในกรุต่าง ๆ และของมีค่าที่ค้นพบในองค์พระบรมธาตุมหาเจดีย์